如今医院市场趋于饱和，特别是数量广大的民营医疗机构。提高医院的效率和效益是其必然的选择，而医院管理系统的建设越来越成为医院发展的重中之重。

医院管理系统作为当下一种先进的医院信息化系统，是管理思路与信息技术相融合的产物，最终目标要实现资源的合理化配置，后勤成本、设备成本、人员成本等。所以在医院管理系统的建设中，成本核算模块的创建最为重要，遇到的问题主要可以分为以下四类：

（一）科室设置问题

 科室设置即成本责任中心及成本核算单元的确定，医院如何分门别类科室？

 （二）成本形态及项目设置问题

成本按形态可以分为固定成本与变动成本；成本按责任归属可以分为可控的成本和不可控的成本。成本核算时要事先明确是可控的成本亦或是不可控的成本。

（三）分摊方案设置问题

如果使用分摊方案的费用需要达到总费用的 25%，那么需要分摊方案是成本核算的重要工作内容。

（四）数据来源问题

HRP 的数据来源于医院HIS、LIS、PACS 系统，以及财务系统等，经常会由于种种原因造成数据差异，例如无法在 HIS 退费而直接到财务科室办理退费造成的差异；学校学生体检收入不入 HIS系统造成的差异；社区收入不入 HIS 系统造成的差异等。

在医院管理系统建设过程中，成本核算是一个必不可少的基础工程，需要投入足够的耐心与精力才能做好。